Hola Xavier.

Si la factura ya esta pagada, no puedes hacer nada. Si marcas esa casilla se activaran impuestos y la factura quedara con un saldo negativo, pero no realizaras ningún cobro, eso no es posible hacer, es el cliente quien debe pagar.

Si precisas cobrar ese valor, sugeriría crees manualmente una nueva factura solo por ese valor, y le pidas al cliente la pague desde su área de cliente

Finalmente, ¿esto esta pasando frecuentemente? Si es el caso sugiero revises tu configuración de impuestos como se indica en el video adjunto, revisa en particular:

1. Que la configuración sea correcta
2. Que el cliente no tenga la excepción de impuestos

https://aprende.nodored.com/lessons/pasarelas-de-pago-impuestos-y-promociones/