Hala Alexis, recuerdo ya hacer algunos cambios en Configuration > System Settings > General Settings. para que mi WHMCS funciona correctamente. Creo que esa parte lo tengo claro.

Ahora bien, me indicas que tengo que mover el WHMCS al nuevo directorio, me gustaría saber como exactamente se realiza esta acción.

¿Es por el administrador de archivos, copiando las capertas de instalación del WHMCS a la carpeta raiz?