Es una pregunta demasiado general, y la respuesta sera igual, borrando archivo por archivo, directorio por directorio.

Cuando tu bajas un tempalte esta tiene un directorio que va en templates y otros que van en orderforms e includes, ademas de multiples archivos .php que van en la raiz. Entonces por ahi puedes orientarte para borrar, con el debido cuidado.

Esto es una buena practica que va mas alla del uso de una plantilla, es un tema recomendado para la optimización de WHMCS, y asi lo mantienes seguro, pues no es bueno tener hooks y archivos php sueltos por ahi que pueden ser un potencial riesgo de seguridad.