Hola Ender, he separado este post en un hilo diferente para no tratar multiples temas en un mismo foro.

En cuanto a este error, un error 404 implica archivos faltantes. En efecto he revisado tu instalación y faltan directorios y archivos, asegurate de que dicha reinstalación se haga de forma correcta.

En este link puedes descargar la versión más reciente de WHMCS: https://aprende.nodored.com/docs/como-actualizar-whmcs/