Hola Cleef, la configuración que pretendes hacer no es convencional y a futuro te dara problemas conforme creces. Vas a tener nameservers con un dominio, la instalación de WHMCS en otro dominio y el sitio web de venta en otro dominio.

Si vas por ese camino mi sugerencia es que instales WHMCS en la misma cuenta cPanel donde estas configurando tu sitio de ventas.

Este es un tema dificil de explicar en el foro pues tiene demasiadas aristas. Si lo prefieres puedes agendar una mentoria via zoom sobre WHMCS y podemos conversar en una video llamada con mas detalle: https://aprende.nodored.com/mentorias