Hola John, creo que debes revisar en tu WHMCS la configuración de tu Producto > Pestaña de Fija Precio > opciones de Prorrata de Facturación y Fecha de Prorrata

Esas dos opciones permiten que tu servicio se facture en un día especifico del mes causando que al momento de la compra el valor sea menor al precio de venta debido a este ajuste de precio que realiza.

En este link se explica mejor https://docs.whmcs.com/Products_and_Services#Pricing