Hola tommyfley, he revisado y noto que tu WHMCS tiene una fuerte cantidad de archivos y directorios faltantes. En este punto si tu tienes un registro de los archivos que eliminaste, puedes intentar reemplazarlos usando una copia limpia de WHMCS.

En caso de que no hubieras tomado nota de cuales son los archivos eliminados, mi sugerencia seria:

1. Carga manualmente, quizás via FTP archivos limpios de WHMCS, cuidando de no sobre escribir el archivo configuration.php
2. Si el error persiste, dada su naturaleza, probablemente necesites contactar directamente a WHMCS para que te ayuden a determinar la naturaleza de este fallo.

NOTA: Si no sabes como contactar con WHMCS puedes revisar esta guia: https://ayuda.nodored.com/es/articles/4587364-solicitar-soporte-a-whmcs-com